1. Początek

Gdy odpowiednia ilość uczniów zgłosi swoją chęć rozpoczęcia nauki w Akademii tworzona jest z nich zazwyczaj trzyosobowa klasa, oraz przydzielany jest wychowawca - Sensei.

2. Przebieg nauczania

W akademii prowadzone będą 2 zajęcia, których zaliczenie będzie niezbędne do ukończenia akademii:
- Kontrola nad Chakrą - podstawy korzystania z pokładów wewnętrznych, nauka kontrolowanego uwalniania jej, omówienie 2 podstawowych technik
- Walka wręcz - omówienie zasad i technik walki, oraz podstawowych broni shinobi, walka treningowa w czasie zajęć

3. Egzamin

Aby móc przystąpić do końcowego egzaminu, każdy uczeń musi, zaliczyć każde z zajęć. Na koniec każdej lekcji (w wątku danych zajęć) odbywać się będzie krótka kartkówka, lub test praktyczny, kiedy to uczniowie będą musieli wykazać się swoją wiedzą, lub umiejętnościami. Gdy wszystkie zajęcia zostanie wyznaczony termin egzaminu końcowego. Egzamin taki będzie prowadzony przez wyznaczonego nauczyciela i to od niego zależy forma testu, ma w tym względzie pełną dowolność. Po zakończeniu egzaminu ten sam nauczyciel wyznaczy osoby które zdały egzamin.

4. Zajęcia dodatkowe

Oprócz zajęć obowiązkowych niezbędnych do zdania akademii odbywać się będą również zajęcia dodatkowe, które zapewnią wyższą ocenę całego nauczania danego ucznia oraz ułatwi "start" po ukończeniu akademii:
- Historia
- Systematyka Jutsu
- Zaawansowana kontrola chakry (uczestniczyć w zajęciach mogą tylko te osoby, które zdały zajęcia z podstawowej kontroli chakry)
- Zaawansowana walka wręcz (uczestniczyć w zajęciach mogą tylko te osoby, które zdały zajęcia z podstawowej walki wręcz)
- Podstawy medycyny

Po co uczestniczyć w takich zajęciach? Jeżeli uczeń będzie chciał w przyszłości być nauczycielem w akademii, Kage na pewno przychylniej spojrzy na tego ninja, który uczestniczył w zajęciach z historii i systematyce jutsu. Uczestniczenie w zajęciach z zaawansowanej kontroli chakry i walki wręcz pozwoli na odblokowanie dodatkowych ścieżek drzewa rozwoju, zaś zajęcia z podstaw medycyny mogą przyśpieszyć i ułatwić rozwój ninja w tym kierunku, jeżeli zdecyduje się zostać medykiem i dołączyć do oddziału medycznego.

Dodatkowo, zajęcia z historii dają 15 zrealizowanych dawek treningowych koncentracji, a zajęcia z zaawansowanej walki wręcz 15 zrealizowanych dawek treningowych wytrwałości.

Zajęcia dodatkowe będą dostępne również dla innych rang, nie tylko dla Studentów Akademii. Dzięki takim zajęciom będą mogli rozwinąć cechy na drzewku rozwoju, które wymagają zaliczenie konkretnych zajęć a ukończyli już akademię.

5. Nauka pierwszych technik

Pierwszych 2 technik - Henge no jutsu i Bunshin no jutsu - możemy się nauczyć po zakończeniu zajęć "Kontrola nad Chakrą".
Kolejnych dwóch technik: Kawarimi no Jutsu i Generic Sealing Technique, uczniowie uczą się jak zwykłych technik rangi E, lub na zajęciach z zaawansowanej kontroli nad chakrą - są to zajęcia dodatkowe i nie są niezbędne do ukończenia Akademii.

6. Nieobecność gracza

Istnieje możliwość kontynuowania zajęć w przypadku nieobecności któregoś adepta. Jeżeli gracz zgłosi swoją nieobecność w odpowiednim wątku - tutaj - jest pomijany w zajęciach. Taka sama sytuacja ma miejsce, jeżeli minęło 12h od napisania ostatniego posta w danym wątku (przez któregokolwiek z uczestników).
Przy zajęciach teoretycznych, pominięcie kolejki nie skutkuje konsekwencjami, w przypadku zajęć praktycznych, gracz może opuścić kolejkę 1 raz. Przy drugim pominięciu, wyznaczona dla niego zostanie lekcja indywidualna, a reszta grupy będzie kontynuowała w mniejszym gronie.
MG, który zgłosił nieobecność, może być zastąpiony przez innego nauczyciela.