Chakra to rodzaj duchowej energii, niezbędnej do życia. Każda żywa istota posiada w swoim organizmie pewną ilość chakry. Wytwarzają ją wszystkie narządy, uzupełniając braki tej niesamowitej energii. Jest ona niezbędna do wykonywania technik shinobi i jej poziom często świadczy o sile. Kązdy człowiek charakteryzuje się innymi pokładami tej energii, posiadają jednak taki sam system jej przepływu.

Chakra krąży w organiźmie niczym krew w żyłach. System jej przepływu, nazywany ianczej systemem obiegu chakry, to sieć kanalików, którymi przepływa i zostaje rozprowadzana po całym ciele do punktów jej uwolnienia zwanych Tenketsu. Te punkty widoczne sa jedynie dla wyjątkowych oczu Byakugan, i mogą być zalokowane przy zastosowaniu specjalnych technik. Są one rozmieszczone na całym ciele w ten sposób, by ułatwić użytkowanie chakry.

Istnieje pięc podstawowych natur chakry i są to:
- Katon (ogień)
- Suiton (woda)
- Doton (ziemia)
- Raiton (błyskawica)
- Fuuton (wiatr)

Każdy shinobi posiada specyficzną dla siebie naturę chakry, dzięki czemu jest w stanie wykonywać techniki danego żywiołu, lub nauczyć się specyficznych dla tego żywiołu umiejetności. Po latach treningów, niektórzy z wybitnie uzdolnionych ludzi są wstanie opanować więcej niż jedną naturę, poszerzając tym samym wachlarz swoich umiejętności i zasób technik. Wymaga to jednak dużego wkłądu pracy i treningu, a sukces osiągają nieliczni.
Między wszystkimi żywiołami istnieje zależność siły. Dana natura jest w stanie pokonać jedną, ale również nie ma szans w starciu z inną,

<diagram zależności>

W starciu sił tego samego żywiołu ważną rolę odgrywa ranga techniki, lub poziom umiejętności specyficznej dla danej natury. Jutsu tej samej rangi wzajemnie się negują, stając się nieskuteczne. Techniki wyższych rang z łątwością są w stanie unieszkodliwić słabsze, dając złudzenie pochłaniania niższych rangą technik. Wynikiem tego jest fakt, że w starciu tych samych natur chakry, istotną rolę odgrywa ranga techniki.
W drugiej kolejności rolę odgrywa chakra włożona w dane jutsu, gdzie zależnie od kosztu chakry, technika jest w stanie pokonać inną tej samej rangi, jednak wymagającą mniejszego wkładu energii.

Poza podstawowymi naturami, można wyróżnić jeszcze zaawansowane żywioły, wynikające z genów poszczególnych klanów, lub wyjątkowych umiejętności. Kekkei Genkai może charakteryzować się sztuką łączenia poszczególnych typów chakry w jeden wyjątkowy. Połączenie dwóch natur, tworzy na ogół żywioł wyjątkowo silny, dający znaczną przewagę w walce. Jego otrzymanie jest jednak uwarunkowane opanowaniem składowych natur, a czasem posiadaniem wyjątkowych genów, charakterystycznych dla poszczególnych klanów.

Znane zaawansowane natury chakry:
- Mokuton (drewno)
- Yoton (lawa)
- Futton (wrzątek)
- Bakuton (wybuch)
- Jiton (magnetyzm)
- Ranton (burza)
- Shakuton (skwar)
- Hyoton (lód)

<diagram zaawansowanych natur>